מודל המכפילים הוא כלי מרכזי להערכת שווי חברות בשוק ההון, אך הוא אינו חף מחסרונות. אחד המגבלות העיקריות של המודל היא הפשטות שלו, אשר עלולה להוביל לתוצאות מוטעות כאשר לא מתחשבים בהקשר הרחב יותר של החברה או השוק. מודל זה מניח כי נתוני הרווח, ההכנסות או ההון העצמי הם מדדים מדויקים לשווי החברה, אך במציאות, נתונים אלו עשויים להיות מוטעים או בלתי יציבים.

ביקורת משמעותית על המודל נשמעת מצד כלכלנים ואנליסטים, כמו פרופסור ריצ'רד תיילר, זוכה פרס נובל לכלכלה, אשר טוען כי המודל מתעלם מהתנהגות המשקיעים והגורמים הפסיכולוגיים המשפיעים על השוק. תיילר, אחד המובילים בתחום הכלכלה ההתנהגותית, מדגיש כי התנהגות השוק אינה תמיד רציונלית ושקבלת החלטות של משקיעים אינה מתבצעת על פי מודלים מתמטיים בלבד. הוא מסביר כי מכפיל רווח גבוה או נמוך עשוי להיות תוצאה של התנהגות משקיעים רגשית, כמו פחד או אופוריה, ולאו דווקא של שווי כלכלי אמיתי.

מחקר נוסף המעמיד את מודל המכפילים באור בעייתי הוא מחקרו של פרופסור ג'וזף סטיגליץ, גם הוא זוכה פרס נובל לכלכלה. במחקריו, סטיגליץ טוען כי מודל המכפילים אינו מתחשב בצורה מספקת באי ודאות ובסיכון, מה שמוביל להערכת שווי יתר או חסר. הוא מדגיש את הצורך לשלב מודלים נוספים בהערכת שווי חברות, כגון ניתוח סיכונים או מודלים המתחשבים בגורמים חיצוניים כמו רגולציה או מצב כלכלי כללי.

חיסרון נוסף של המודל הוא הרגישות שלו לשינויים זמניים ברווחים או בהכנסות. לדוגמה, בתקופות משבר, רווחי החברה עשויים לרדת באופן זמני, מה שיוביל למכפיל רווח גבוה. אולם, אם מדובר במשבר זמני, המודל עשוי להוביל להערכה שגויה של החברה ולמסקנה שהחברה מתומחרת ביתר. כך גם במקרה ההפוך, כאשר רווחים חריגים עולים בעקבות אירועים חד-פעמיים.

מודל המכפילים גם מתקשה להתמודד עם חברות בצמיחה מהירה או חברות חדשניות שאינן רווחיות עדיין. חברות טכנולוגיה רבות, כמו אמזון בשנותיה הראשונות, היו בעלות מכפילי רווח גבוהים במיוחד או אפילו שליליים, מה שהפך את השימוש במודל המכפילים ללא רלוונטי בהערכת שווי החברה.

לבסוף, אחד הביקורות המרכזיות על המודל היא שהוא אינו מתחשב בשינויים כלכליים או טכנולוגיים המתרחשים לאורך זמן. מכפיל רווח שנראה תקין בתקופה מסוימת עשוי להיות לא רלוונטי בהקשר של שינויים טכנולוגיים או כלכליים שמתרחשים לאחר מכן. לדוגמה, כניסת טכנולוגיה חדשה עשויה לשנות את פני השוק ולפגוע במודל המסורתי של החברה.

למרות כל החסרונות הללו, מודל המכפילים ממשיך להיות כלי פופולרי בשוק ההון. עם זאת, השימוש בו צריך להיות זהיר ומבוסס על הבנה מעמיקה של הגורמים המגבילים והסיכונים הטמונים בו. שילוב של המודל עם ניתוחים נוספים יכול לעזור למשקיעים לקבל תמונה מלאה יותר ולהימנע מהחלטות השקעה שגויות.